相传在忍者时代，被上古忍神封印了千年的鬼族卷土重来。为了抵御鬼族的侵略，忍者村召回了所有的忍者精英前去剿灭鬼族。与此同时武士的阴谋逐渐浮出水面，一场激烈的角逐就此开始。 随着调查的深入、种种谜团被揭开，事实的真相却出人意料。忍村被毁、上古阴剑失踪的幕后推手竟然也是忍者，武士的统治早已名存实亡。秉持着不同信念的忍者们针锋相对，忍界大战爆发在即。